Lưu ý: Ngày 24/10/2016, Toà Phúc thẩm thuộc toà án nhân dân cấp cao TP. Hồ Chí Minh đã huỷ bản án sơ thẩm này.

Ngày 15/12/2008, Cục trưởng Cục thuế ban hành Kết luận sổ: 714/CI- TTr Kết luận thống nhất việc truy thu thuế theo Quyết định số: 553/QĐ-CT.

Ngày 02/11/2009, Tổng Cục trưởng Tổng Cục thuế có Quyết định số: 1581/QĐ-TCT về việc thanh tra nội bộ Cục thuế tỉnh Vĩnh Long. Thực hiện Quvết định này, Đoàn Thanh tra nội bộ thuộc Tống Cục thuế đã xem xét rà soát lại hồ sơ thanh kiếm tra của Cục thuế tỉnh Vĩnh Long. Trong quá trình kiểm tra, Đoàn Thanh tra không thống nhất với Kết luận thanh tra số: 714/CT-TTr ngày 15/12/2008 của Cục trưởng Cục thuế. Từ đó, Tổng Cục thuế ban hành Kết luận số: 236/TCT-KTNB ngày 20/01/2010 với nội dung:

- Yêu cầu Cục thuế tỉnh Vĩnh Long thu hồi ngay vào ngân sách Nhà nước số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp miễn giảm sai quy định đối với Công ty Cổ phần Lương thực Thực phẩm Vĩnh Long số tiền 31.347.563.097 đồng.

- Phạt 10% số tiền thuế do Công ty cồ phần Lương thực Thực phẩm Vĩnh Long kê khai sai làm giảm số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nội theo Điều 13 Nghị định số: 98/2007/NĐ-CP.

Thực hiện Kết luận số: 236/TCT-KTNB, ngày 11/3/2010 Phòng Thanh tra và Kiểm tra thuế thuộc Cục thuế tỉnh Vĩnh Long tiến hành lập biên bản làm việc “về việc truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2007 - 2008 miễn giảm sai quy định”.

Ngày 10/6/2010 Phòng Thanh tra và Kiểm tra thuế tiến hành lập biên bản vi phạm pháp luật về thuế đối với Công ty.

Ngày 17/6/2010 Phòng Kiểm tra thuế lập Tờ trình về việc xử phạt vi phạm hành chính thuế đối với Công ty. Nội dung đề nghị truy thu 31.347.563.097 đồng và phạt 10% là 3.134.756.310 đồng.

Căn cứ biên bản vi phạm pháp luật về thuế và Tờ trình của Phòng Kiểm tra thuế, Cục trưởng Cục thuế ban hành Quyết định số: 213/QĐ-CT về việc xử phạt vi phạm pháp luật về thuế.

Quá trình Công ty khiếu nại và được giải quyết khiếu nại đổi với Quyết định số: 213/QĐ-CT đúng theo lời trình bày của Công ty.

Đối với yêu cầu khởi kiện của Công ty, Cục trường Cục thuế nhận thấy việc khởi kiện nhầm được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp là không phù hợp với chính sách ưu đãi tại thời điểm Công ty thành lập nên đề nghị Tòa án bác yêu cầu khởi kiện.

Ý kiến của đại diện Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Vĩnh Long, trình bày:

Việc tuân theo pháp luật của Thẩm phán và Hội đồng xét xử:

+ Về Thẩm phán: Từ khi thụ lý, Thẩm phán được phân công giải quyết vụ án đã thực hiện đầy đủ các nhiệm vụ, quyền hạn của Thẩm phán trong quátrình lập hồ sơ vụ án theo Điều 113, 114, 117, 124 Luật tố tụng hành chính. Tiến hành thu thập bổ sung chứng cứ theo yêu cầu của Viện Kiểm sát và chuyển các văn bản, tài liệu được thu thập bổ sung cho Viện Kiêm sát theo khoản 2 Điều 4 Thông tư liên tịch số 03/2012/TTLT/VKSTC-TANDTC ngày 01/8/2012 của Tòa án nhân dân tối cao và Viện Kiêm sát nhân dân tối cao.

Thụ lý vụ án: Theo Thông báo thụ lý số 06/TB-TLVA ngày 22/02/2012, Thẩm phán thụ lý giải quyết theo yêu cầu khởi kiện của Công ty Cổ phần Lương thực Thực phấm Vĩnh Long với 02 nội dung: Hủy Quyết định số 213/QĐ-CT ngày 22/6/2010 của Cục trưởng Cục thuế tỉnh Vĩnh Long về việc xử phạt vi phạm pháp luật về thuế; hủy Quyết định số 46/QĐ-CT ngày 28/01/2011 của Cục trưởng Cục thuế tỉnh Vĩnh Long về việc giải quyết đơn khiếu nại của Ông Nguyễn Thanh Hoàng đại diện cho Công ty Lương thực Thực phấm tỉnh Vĩnh Long.

Về Quyết định số 46/QĐ-CT ngày 28/01/2011 là quyết định giải quyết khiếu nại đối với quyết định xử phạt vi phạm hành chính số 213/QĐ-CT ngày 22/6/2010, trong đó có nội dung sửa đổi một phần Quyết định số 213 là:

Không phạt 10% và phạt chậm nộp tiền thuế.

Giữ nguyên số thuế truy thu TNDN năm 2007, 2008 do xác định sai ưu đãi miễn giảm là 31.347.563.097 đồng.

Như vậy nội dung không phạt 10% và phạt nộp chậm là nội dung mới so với Quyết định 213 nhưng nội dung này không xâm phạm đến quyền và lợi ích hợp pháp của Cty và phù hợp với lợi ích của người khởi kiện nên không hội đủ điều kiện là đối tượng bị khởi kiện theo khoản 1 Điều 1 Nghị quyết 02/2011 của Hội đồng, Thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao. Tại phiên tòa hôm nay, đại diện người khởi kiện và Luật sư xác định không khởi kiện đối với nội dung sửa đổi này mà chỉ kiện một phần của Quyết định 46 về nội dung giữ nguyên phần tiền thuế 31.347.563.097 đồng theo Quyết định số 213/QĐ-CT ngày 22/6/2010 của Cục trưởng Cục thuế Vĩnh Long.

Như vậy một phần nội dung Ọuyết định 46 giữ nguyên quyết định truy thu thuế theo Quyết định 213 bị khởi kiện là không mới so với Ọuyết định 213 nên theo quy định khoản 1 Điều 3 Luật tố tụng hành chính thì Ọuyết định số 46 không phải là đối tượng khởi kiện nên không thuộc thẩm quyền giải quyết của Tòa án theo quy định tại khoản 1 Điều 28 Luật tổ tụng hành chính. Lẽ ra Thẩm phán phải trả đơn theo điểm c khoản 1 Điều 109 Luật tố tụng hành chính, nhưng Thẩm phán đã thụ lý giải quyết đổi với Quyết định số 46 là không đúng quy định như đã nêu.

Về Quyết định sổ 213/QĐ-CT ngày 22/6/2010 là quyết định hành chính theo khoản 1 Điều 3 Luật tố tụng hành chính thuộc thẩm quyền của Tòa án tỉnh. Tuy nhiên thời hiệu không còn bởi lý do sau: Theo quy định điểm a khoản 2 Điều 104 Luật tố tụng hành chính thì thời hiệu khởi kiện đối với quyết định hành chính theo khoản 1 Điều 3 là 01 năm kể từ ngày nhận được hoặc biết quyết định hành chính. Đối chiếu với trường hợp của Công ty Lương thực thì Công ty đã nhận dược Quvết định sổ 213 trước ngày 02/7/2010, tại phiên tòa hôm nay đại diện hai bên đương sự đều thừa nhận và xác định ngày giao nhận Quyết định số 213 là ngày 02/7/2010; đến ngày 11/8/2011, Công ty mới nộp đơn khởi kiện tại Tòa án nhân dân tỉnh Vĩnh Long mà lý do nêu ra không chính đáng là đã quá thời hiệu. Lẽ ra Thấm phán phải áp dụng điểm c khoản I Điều 109 Luật tố tụng hành chính để trả đơn khởi kiện nhưng lại thụ lý giải quyết là không đúng.

Về Hội đồng xét xử: Thành phần Hội đồng xét xử đúng theo Ọuyết định đưa vụ án ra xét xử số 15/2013/QĐ-ST-HC ngày 05/9/2013 và không thuộc trường hợp phải từ chối tiến hành tố tụng. Việc thay đổi Hội thẩm nhân dân tại phiên tòa ngày 29/11/2012 được Thông báo tại văn bản số 90/TB-TA ngày 27/11/2012 là phù hợp với quy định.

Tại phiên tòa hôm nay, Hội đồng xét xử thực hiện đầy đủ, các hoạt động tố tụng tại phiên tòa sơ thẩm xét xử công khai, trực tiếp, liên tục, bằng lời nói. Việc hoãn phiên tòa ngày 29/11/2012 để thu thập chứng cứ về quá trình khiếu nại nhưng từ ngày hoãn phiên tòa đến nay hơn 08 tháng.

Hồ sơ cũng không thể hiện Biên bản nghị án cần thu thập chứng cứ gì. Thực tế sau khi Kiềm sát viên đã phát biểu ý kiến và Hội đồng xét xử nghị án công bố hoãn phiên tòa, Thẩm phán chỉ tiến hành thu thập tài liệu từ Bộ Kế hoạch đầu tư nhưng công việc này chỉ thực hiện trong tháng 8/2013. Ngoài ra không có tài liệu nào khác.

Như vậy Hội đồng xét xử đã hoãn phiên tòa kéo dài hơn 08 tháng là không đúng vi phạm khoản 1 Điều 137 và khoản 3 Điều 117 Luật tố tụng hành chính.

Về chấp hành pháp luật của các đương sự:

+ Người khởi kiện: Khởi kiện Quyết định 213 là đúng đối tượng nhưng chưa đúng thời hiệu. Người khởi kiện chưa thực hiện quyền khởi kiện đúng quy định Điều 104 Luật tố tụng hành chính.

Tại phiên tòa (29/11/2012) cũng như tại phiên tòa hôm nay đại diện người khởi kiện và Luật sư đều cho rằng do phải chờ kết quả giải quyếl khiếu nại của Tổng cục thuế mới khởi kiện vụ án. Tuy nhiên việc chờ kết quả giải quyết của Tổng cục thuế không phải là trường hợp bất khả kháng hoặc trở ngại khách quan theo khoản 3 Điều 104 Luật tố tụng hành chính và theo điểm a khoản 2 Điều 12 Nghị quyết 02/2011/NQ-HĐTP ngày 29/7/2011 của Hội đồng Thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao hướng dẫn một số điều của Luật tố tụg hành chính thì thời gian có sự kiện bất khả kháng hoặc trở ngại khách quan để không tính vào thời hiệu khởi kiện là khoảng thời gian xảy ra một trong các sự kiện như:Thiên tai, địch họa, nhu cầu chiến đấu..., phục vụ chiến đấu hoặc do lỗi của cơ quan Nhà nước làm cho chủ thể có quyền khỡi kiện không thể khởi kiện trong phạm vi thời hiệu khởi kiện.

Xét trường hợp của Công ty Lương thực, thực phẩm Vĩnh Long cho rằng do lỗi của Tổng cục thuế chậm trả lời khiếu nại, nên không thể khởi kiện vụ án hành chính là không thuộc một trong các trường hợp bất khả kháng hay trở ngại khách quan như viện dẫn. Việc giải quyết của Tổng cục thuế là quyết định giải quyết khiếu nại lần 2. Quyết định này không phải là điều kiện bắt buộc phải có thì đương sự mới có thể khởi kiện vụ án hành chính. Trước khi Luật tố tụng hành chính có hiệu lực, theo quy định của pháp luật tố tụng giải quyết các vụ án hành chính năm 1996 sửa đổi bổ sung năm 2006. Việc khiếu kiện xử phạt vi phạm hành chính là loại việc được quy định tại khoản 1 Điều 11 Pháp lệnh. Nếu đương sự đã khiếu nại với người có thẩm quyền giải quyết lần 2, nhưng hết thời hạn giải quyết theo quy dịnh của Pháp lệnh về khiếu nại, tổ cáo mà khiếu nại không được giải quyết, hoặc đã được giải quyết, nhưng không đồng ý với quyết định giải quyết khiếu nại lần 2 thì có quyền khởi kiện để Tòa án giải quyết vụ án hành chính.

Công ty Lương thực gửi đơn khiếu nại đến Tổng cục thuế vào ngày 02/3/2011 theo Thông báo số 85/TB-TCT ngày 05/4/2011 của Tổng cục thuế thời hạn giải quyết khiếu nại lần 2 là 60 ngày theo khoản 1 Điều 43 Luật khiếu nại tố cáo thì đến ngày 02/5/2011 là hết thời hạn giải quyết khiếu nại lần 2. Trong thời hạn 30 ngày kể từ ngày 02/5/2011 - 01/6/2011 Công ty có quyền khởi kiện vụ án hành chính nhưng Công ty đã không thực hiện mà chọn con đường chờ kết quả giải quyết khiếu nại lần 2 của Tổng cục thuế rồi mới khởi kiện vụ án hành chính. Trong thời gian Tổng cục thuế chưa có quyết định giải quyết khiếu nại lần 2 thì Luật tố tụng hành chính có hiệu lực thi hành từ ngày 01/7/2011. Thời hiệu khởi kiện vụ án hành chính được quy định chung cho khởi kiện quyết định hành chính là 01 năm kể từ ngày nhận được quvết định hành chính. Do đó quyết định xử phạt vi phạm hành chính số 213 ngày 22/6/2010 của Cục trưởng Cục thuế Vĩnh Long được Công ty Lương thực và đại diện Cục trưởng cục thuế xác định là giao nhận tính vào ngày 02/7/2010 nhưng Công ty cũng không thực hiện quyền khởi kiện vụ án hành chính mà đến ngày 11/8/2011 mới nộp đơn khởi kiện là đã quá thời hiệu quy định 01 tháng 09 ngày.

Đối với Quyết định số 46/ỌĐ-CT ngày 28/11/2011 người khởi kiện đã khởi kiện là không đúng đối tượng khởi kiện theo khoản 1 Điều 3 Luật tố tụng hành chính vì người khởi kiện chỉ khởi kiện một nội dung giữ nguyên số tiền truy thu, còn nội dung không phạt (tức nội dung thay đổi) thì đương sự không kiện và cũng không có quvền khởi kiện vì nội dung này không xâm phạm đến quyền lợi hợp pháp của người khởi kiện như đã phân tích trong phần về chấp hành pháp luật của Thẩm phán. Tại phiên tòa hôm nay, đại diện người khởi kiện thay đổi vàrút một phần yêu cầu khơi kiện về số thuế truy thu, chỉ yêu cầu hủy quyết định đối với sổ thuế ưu đãi được miễn là hơn 17 tỷ trong số hơn 31 tỷ đồng. Việc thay đổi rút một phần yêu cầu khởi kiện là phù hợp với điều 7, 49 khoản 2 Điều 50, 146 Luật tổ lụng hành chính.

+ Người bị kiện: Theo thông báo yêu cầu cung cấp chứng cứ số 23/2012 ngày 06/6/2012, thông báo thụ lý vụ án giải quyết vụ án yêu cầu người bị cơ quan cấp 03 loại tài liệu: Hồ sơ kê khai thuế của Công ty Lương thực; báo cáo thuế, văn bản ủy quyền hoặc phân công của cục trưởng cho Phó Cục trưởng thẩm quyền ký quyết định xử phạt vi phạm hành chính về thuế.

Đây là các chứng cứ cần thiết cho việc giải quyết vụ án nhưng người bị kiện cung cấp không kịp thời, vi phạm nghĩa vụ theo khoản 18 Điều 19 Luật tố tụng hành chính. Đến nay người bị kiện đã khắc phục xong nhưng cũng là một lý do kéo dài thời hạn giải quyết án.

+ Luật sư bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của người khởi kiện: Thực hiện đầy đủ quyền và nghĩa vụ theo khoản 4 Điều 55 Luật tố tụng hành chính. Luật sư cho rằng phải chờ hướng dẫn của Tòa án tối cao thì Điều 104 mới có hiệu lực là không có căn cứ, trái với khoản 1 Điều 263 Luật tố tụng hành chính.

Kiến nghị: Từ những phân tích trên cho thấy Thẩm phán đã thụ lý đổi với đơn khởi kiện một phần Quyết định 213 đã hết thời hiệu khởi kiện và việc thụ lý giải quyết đổi với Quyết định 46 không thuộc trường hợp khởi kiện vụ án hành chính nên không thuộc thẩm quyền của Tòa án. Cần áp dụng điểm đ khoản 1 và khoản 2 Điều 120, điếm c, điểm e khoản 1 Điều 109 Luật tố tụng hành chính để đình chỉ việc giải quyết vụ án.

XÉT THẤY

Ngày 10/6/2010 Phòng Thanh tra và Phòng Kiểm tra thuế thuộc Cục thuế tỉnh Vĩnh Long tiến hành lập Biên bản vi phạm pháp luật về thuế đối với Công ty Cổ phần Lương thực Thực phẩm Vĩnh Long.

Ngày 22/6/2010, Cục trướng Cục thuế tỉnh Vĩnh Long ban hành Quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế số: 213/QĐ-CT với nội dung: Xử phạt vi phạm hành chính đối với ông Nguyễn Thanh Hoàng là Tổng Giám đốc Công ty Cổ phần Lương thực thực phẩm Vĩnh Long với các hình thức: Phạt tiền với mức phạt 3.134.756.310 đồng. Biện pháp khắc phục hậu quả: Thu hồi số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2007, 2008 số tiền 31.347.563.097 đồng.

Không đồng ý với Quyết định số: 213/QĐ-CT, Công ty có đơn khiếu nại gởi đến Cục trưởng Cục thuế tỉnh Vĩnh Long. Ngày 28/01/2011, Cục trưởng Cục thuế tỉnh Vĩnh Long ban hành Quyết định giải quyết khiếu nại số: 46/QĐ-CT với nội dung:

+ Công nhận một phần nội dung đơn khiếu nại đổi với ông Nguyễn Thanh Hoàng.

+ Không phạt 10% và phạt nộp chậm, giữ nguyên số thuế thu nhập doanh nghiệp truy thu năm 2007 và 2008 do xác định sai ưu đãi miễn giảm là 31.347.563097 đồng.

Không đồng ý với Quyết định giải quyết khiếu nại sổ: 46/QĐ-CT, Công ty tiếp tục khiếu nại đến Tổng Cục trưởng Tổng Cục thuế. Ngày 13/7/2011, Tổng Cục trưởng Tổng Cục thuế ban hành Quyết định giải quyết khiếu nại số: 979/QĐ-TCT với nội dung không công nhận nội dung đơn khiếu nại của Công ty, giữ nguyên Quyểt định giải quyết khiếu nại số: 46/QĐ-CT ngày 28/01/2011 của Cục Thuế tỉnh Vĩnh Long. Ngày 11/8/2011, Công ty khởi kiện vụ án hành chính đối với Quyết định sổ: 213/QĐ-CT và Quyết định sổ: 46/QĐ-CT của Cục Trưởng Cục thuế tỉnh Vĩnh Long.

Về tố tụng:

- Đối tượng khởi kiện: Quyểt định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế số: 213/QĐ-CT của Cục trưởng Cục thuế tỉnh Vĩnh Long là quyết định hành chính theo khoản 1 Điều 3 Luật tố tụng hành chính nên Công ty được quyền khởi kiện theo quy định tại khỏan 1 Điều 28 Luật tố tụng hành chính.

Đối với Quyết định giải quyết khiếu nại số: 46/QĐ-CT ngày 28/01/2011 của Cục trưởng Cục thuế có nội dung hủy bỏ phần phạt tiền 10% sổ tiền 3.134.756.310 đồng nên Quyết định này trở thành Quyết định hành chính lần đầu, là đối tượng khởi kiện vụ án hành chính theo hướng dần tại điếm b khoản 1 Điều 1 Nghị quyết sổ: 02/2011/NQ-HĐTP ngày 29/7/2011 của Hội đồng Thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao.

- Thời hiệu khởi kiện: Sau khi nhận Ọuyết định xử phạt số: 213/QĐ- CT, Công ty khiếu nại thì ngày 28/01/2011 Cục trưởng Cục thuế ban hành Quyết định giải quyết khiếu nại sổ: 46/QĐ-CT có nội dung hủy bỏ một phần Quyết định số: 213/QĐ-CT nên Quyết định số: 46/QĐ-CT trớ thành quyết định hành chính lần đầu. Không đồng ý với quyết định này, Công ty tiếp tục khiếu nại đến Tổng Cục trưởng Tổng Cục thuế. Ngày 13/7/2011, Tổng Cục trưởng Tổng Cục thuế ban hành Quyết định giải quyết khiếu nại số: 979/QĐ-TCT với nội dung không chấp nhận nội dung khiếu nại và dành quyền khởi kiện vụ án hành chính trong thời hạn 30 ngày, điều này là phù hợp với quy định tại điếm d khoản 1 Điều 2 và điểm b khoản 2 Điều 30 Pháp lệnh thủ tục giải quyết các vụ án hành chính (sửa đổi, bổ sung năm 2006). Tuy nhiên, thời điểm ban hành Quyết định giải quyết khiếu nại lần hai và thời điểm Công ty khởi kiện (ngày 11/8/2011) thì Luật tố tụng hành chính có hiệu lực nên thời hiệu khởi kiện phải áp dụng quy định tại điểm a khoản 2 Điều 104 Luật tố tụng hành chính. Do Quyết định sổ: 46/QĐ-CT trở thành quyết định hành chính lần đầu nên thời hiệu khởi kiện là 01 năm kể từ ngày 28/01/2011. Ngày 11/8/2011 Công ty khởi kiện là vẫn còn trong thời hiệu.

Về nội dung:

- Đối với phần xử phạt 10% do kê khai thuế sai quy định, tại Quyết định sổ: 46/QĐ-CT Cục trưởng Cục thuế dã hủy bỏ phần xử phạt này. Tại phiên tòa hôm nay Công ty cũng xác định không khởi kiện phần xử phạt mà chỉ khởi kiện phần truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2007, 2008 nên Hội đồng xél xử không đặt ra xem xét đổi với phẩn xử phạt.

Thẩm quyền ban hành Ọuyết định truy thu thuế: Theo quy định tại điểm đ khoản 4 Điều 18 Nghị định số: 98/2007/NĐ-CP thì Cục trưởng Cục thuế có thẩm quyền áp dụng biện pháp khắc phục hậu quá theo quy định tại khoản 3 Điều 6 Nghị định số: 98/2007/NĐ-CP (trong đó có biện pháp buộc nộp đủ số tiền thuế nợ, tiền thuế thiếu).

Đối với việc Phó Cục trưởng ra Quyết định xử phạt vi phạm hành chính. Căn cứ Thông báo sổ 50/TB-CT ngày 18/3/2010 của Cục trưởng Cục thuế tỉnh Vĩnh Long về việc phân công phụ trách và chỉ đạo nghiệp vụ của lãnh đạo Cục thuế tỉnh Vĩnh Lonc thì Cục phó ký thay trong lĩnh vực xử phạt được quy định tại điểm 2.2 mục 2 của Thông báo là phù hợp.

- Căn cứ truy thu thuế: Tại khoản 2 Điều 1 Quyết định số: 213/QĐ-CT thể hiện biện pháp khắc phục hậu quả là thu hồi số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp 31.347.563.097 đồng, trong đó:

Năm 2007: 1.558.105.984 đồng.

Năm 2008: 29.789.457.113 đồng.

Theo quy định tại khoản 1 Điều 36 Nghị định số: 187/2004/NĐ-CP thì: “Doanh nghiệp sau cổ phần hóa được hưởng các ưu đãi sau:

Được hưởng ưu đãi như đối với doanh nghiệp mới thành lập theo quy định của pháp luật về khuyến khích đầu tư mà không cần phải làm thủ tục cấp giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư.

Tại mục 4 Phần H Thông tư số: 134/2007/TT-BTC quy định: “Công ty Cô phần thành lập từ cổ phần hoá doanh nghiệp Nhà nước được cấp giấy Chứng nhận đăng ký kinh doanh từ ngày Nghị định số 108/2006/NĐ-CP ngày 22/9/2006 của Chính phú có hiệu lực thi hành đến trước ngày Nghị định số 24/2007/NĐ-CP có hiệu lực thi hành thì áp dụng điều kiện ưu đãi theo quy định tại Nghị định số 108/2006/NĐ-CP; mức ưu đãi và thời gian ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với cơ sở kinh doanh mới thành lập theo quy định tại Thông tư này”.

Công ty Cổ phần Lương thực Thực phẩm Vĩnh Long tiến hành cổ phần hóa và được cấp giấy Chứng nhận đăng ký kinh doanh ngày 29/12/2006, sau thời điểm Nghị định số: 108/2006/NĐ-CP có hiệu lực thi hành và trước thời điểm Nghị định số: 24/2007/NĐ-CP có hiệu lực thi hành.

Tại tiểu mục 40 Mục VII Phần B Phụ lục 1 - Danh mục lĩnh vực ưu đãi đầu tư ban hành kèm theo Nghị định sổ: 108/2006/NĐ-CP quy định: “VII. Phát triển ngành nghề truyền thống, 40. Xây dựng và phát triển các ngành nghề truyền thống về sản xuất hàng thủ công mỹ nghệ, chế biến nông sản thực phấm, các sản phâm văn hóa”.

Theo Ọuy định nội dung Hệ thống ngành kinh tế của Việt Nam được ban hành kèm theo Quyết định số: 337/QĐ-BKH ngày 10/4/2007 của Bộ trưởng Bộ Kế hoạch Đầu tư thì hoạt động xay xát, đánh bóng gạo (mã số 10611) thuộc nhóm ngành sản xuấl chế biến thực phẩm (mã sổ 10). Tại Công văn số: 400/CT-TTr ngày 28/5/2012, Cục trưởng Cục thuế cũng cho rằng hoạt động xay xát, đánh bóng gạo thuộc ngành chế biến thực phẩm.

Như vậy, Công ty đủ điều kiện ưu đãi đầu tư theo quy định tại Nghị định 108/2006/NĐ-CP. Do đó thuộc diện được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp theo khoản 1 Điều 36 Nghị định số: 187/2004/NĐ-CP.

Cục trưởng Cục thuế cho rằng Công ty không thuộc diện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp vì khoản 2 Điều 46 Nghị định số: 24/2007/NĐ-GP quy định: “Bãi bỏ quy định ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp tại khoản 1 Điều 36 Nghị định 187/2004/NĐ-CP”. Tuy nhiên, tại khoản 2 Điều 46 Nghị định số: 24/2007/NĐ-CP còn có nội dung: “Các Công ty cổ phần được thành lập từ cổ phần hóa doanh nghiệp Nhà nước trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành được tiếp tục hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định tại khoản 1 Điều 36 Nghị định số 187/2004/NĐ-CP cho thời gian còn lại”. Như vậy, Công ty được cấp giấy Chứng nhận đăng ký kinh doanh ngày 29/12/2006 thì đương nhiên được hưởng ưu đãi theo khoản 1 Điều 36 Nghị định sổ: 187/2004/NĐ-CP.

Tại điểm 6, Mục II, Phần E Thông tư số 134/2007/TT-BTC ngày 21/11/2007 của Bộ Tài chính quy định: “Năm miền thuế, giảm thuế xác định phù hợp với Kỳ tính thuế. Thời điểm bất đầu tính thời gian miễn thuế, giám thuế tính liên tục kê từ Kỳ tính thuế đầu tiên cơ sở kinh doanh bắt đầu có thu nhập chịu thuế (chưa trừ số lồ các Kỳ tính thuế trước chuyển sang)".

Tại điểm 4, Mục III, Phần E Thông tư số 134/2007/TT-BTC quy định: "Năm bắt đầu đi vào hoạt động kinh doanh đề xác định thời áp dụng, thuế suất là năm đầu tiên cơ sở kinh doanh phát sinh doanh thu".

Tại điểm 2 Phần B Thông tư số: 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính quy định “Kỳ tính thuế đầu tiên đối với doanh nghiệp mới thành lập và kỳ tính thuế cuối cùng đối với doanh nghiệp chuyển đối loại hình doanh nghiệp, chuyển đổi hình thức sơ hữu, sáp nhập, chia tách, giải thể, phá sản được xác định phù hợp với kỳ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán”.

Theo điểm a khoản 2 Điều 13 Luật Kế toán quy định: “Kỳ kế toán đầu tiên của doanh nghiệp mới được thành lập tính từ ngày được cấp giấy Chứng nhận đăng ký kinh doanh đến hết ngày cuối cùng của kỳ kế toán năm, kỳ kế toán quỷ, kỳ kế toán tháng theo quy định tại khoản 1 Điều này”.

Theo khoản 4 Điều 13 Luật Kể toán quy định: “Trường hợp kỳ kế toán năm đầu tiên hoặc kỳ kế toán năm cuối cùng có thời gian ngắn hơn chín mươi ngày thì được phép cộng (+) với kỳ kế toán năm tiếp theo hoặc cộng (+) với kỳ kể toán năm trước đó được tính thành một kỳ kế toán năm. Kỳ kể toán năm đầu tiên hoặc kỳ kế toán năm cuối cùng phải ngắn hơn mười lăm tháng”.

Như vậy, kỳ kế toán năm đầu tiên của Công ty tính từ ngày 29/12/2006 và cộng với kỳ kế toán năm 2007. Kỳ tính thuế được tính theo kỳ kế toán.

Trong kỳ tính thuế năm 2007 Công ty đã được hưởng ưu đãi miễn thuế từ ngày 29/12/2006 kéo dài đến ngày 20/3/2007 đến khi Nghị định sổ: 24/2007/NĐ-CP có hiệu lực thi hành từ ngày 21/3/2007 thì Công ty vẫn tiếp tục được hưởng ưu đãi về miễn thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời gian còn lại của mình (tức đến hết ngày 29/12/2008).

Từ đó, Cục trưởng Cục thuế tỉnh Vĩnh Long cho rằng Công ty không thuộc diện được ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2007, 2008 là trái với quy định của pháp luật được viện dẫnnêu trên.

Tại Quyết định số: 979/ỌD-TCT ngày 13/7/2011 của Tổng Cục trưởng Tổng Cục thuế giải quyết khiếu nại của Công ty nêu ra lý do Công ty không được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp như sau: “Qua khảo sát hoạt động kinh doanh và kiểm tra hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng năm 2007, 2008 cúa Công ty Cố phần Lương thực Thực phẩm Vĩnh Long cho thấy: Công ty chỉ thực hiện hoạt động xay xát, đánh bóng gạo, mua bán lương thực, thức ăn chăn nuôi cùng một số hoạt động kinh doanh thương mại khác. Công ty không thực hiện hoạt động chế biến lương thực, thực phẩm. Do đó, Công ty cổ phần Lương thực Thực phẩm Vĩnh Long không đáp ứng đủ điều kiện để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với doanh nghiệp mới thành lập theo quy định tại Nghị định sổ: 108/2006/NĐ-CP và Nghị định số: 24/2007/NĐ-CP”.

Căn cứ quy định của pháp luật và theo thừa nhận của Cục trưởng Cục thuế Vĩnh Long, hoạt động xay xát, đánh bóng gạo thuộc ngành chế biến thực phẩm thì lý do nêu trên của Tổng Cục trưởng Tổng Cục thuế không phù hợp với quy định của pháp luật.

Tại Giấy phép đăng ký kinh doanh số 54.0.3.000041 ngày 29/12/2006 của Phòng Đăng ký kinh doanh - Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Vĩnh Long cấp cho Công ty Cổ phần Lương thực Thực phẩm Vĩnh Long, tại số thứ tự 22 có ngành nghề kinh doanh: Xay xát thóc lúa, đánh bóng gạo, sản xuất bột thô, mã ngành là 1537. Theo quy định tại Quyết định 143/TCTK/PPCĐ ngày 22//12/1993 của Tổng cục trưởng Tổng Cục thống kê về việc ban hành Hệ thống ngành kinh tế cấp II, cấp III và cấp IV thì không có mã ngành 1537 nhưng có mã 153 thuộc mã ngành công nghiệp chế biến.

Ngày 09/8/2012 Phòng Đăng ký kinh doanh – sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Vĩnh Long có văn bản số 142/ĐKKD về việc xác nhận mã ngành, nghề đăng ký kinh doanh của Công ty cổ phần Lương thực Thực phấm Vĩnh Long xác định: Việc ghi mã số ngành nghề: Xay xát thóc lúa, đánh bóng gạo, sản xuất bột thô trong giấy Chứng nhận đăng ký kinh doanh có mã số 1537 là sai (do sơ suất trong kiểm tra hồ sơ).

Tại văn bản số 6916/BK1ỈĐT-ĐKKD ngày 10/9/2012 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư xác định: Ngày 03/5/2012 Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã có Công văn số 3068/BKIIĐT-ĐKKD sao gửi ý kiến cua Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn về ngành, nghề xay xát thóc lúa, đánh bóng gạo. Tuy nhiên, căn cứ thông tin do Tổng Cục thuế cung cấp tại Công văn 1110/TCT-PC ngày 28/3/2012 về việc xác định ngành, nghề, lĩnh vực ưu đãi đầu tư theo Nghị định 108/2009/NĐ-CP thì hoạt động chính của Công ty Cổ phần Lương thực Thực phẩm Vĩnh Long là mua, bán gạo, xay xát, đánh bóng gạo để bán nội địa và xuất khẩu. Do vậy, tại Công văn số 4284/BKHĐT-PC ngày 13/6/2012 Bộ Kế hoạch và Đầu tư cho rằng hoạt động này thuộc nhóm ngành 4632 (bán buôn gạo), không thuộc ngành công nghiệp chế tạo, chế biến.

Tại phiên tòa đại diện Cục thuế tỉnh Vĩnh Long cũng không xuất trình được Công văn số 1110/TCT-PC ngày 28/3/2012 của Tổng Cục thuế mà Bộ Kế hoạch và Đầu tư cho rằng căn cứ vào thông tin do Tổng Cục thuế cung cấp nên Bộ Kế hoạch và Đầu tư mới ban hành Công văn số 4284/BKHĐT-PC ngày 13/6/2012.

Ngày 01/8/2013 TAND tỉnh Vĩnh Long tiếp tục có văn bản đề nghị Bộ Kế hoạch và Đầu tư về việc giải thích văn bản giữa khái niệm hoạt động mua bán gạo lức, gạo đã qua xay xát để đánh bóng rồi tiêu thụ trong nước và xuất khấu thuộc hoạt động chế biến nông sản; xay xát thóc lúa, đánh bóng gạo được xếp vào mã 10611 : Xay xát. Hoạt động này thuộc nhóm ngành cấp 2 là “sản xuất, chế biến thực phẩm” đối với Công văn số 4284/BKHĐT-PC ngày 13/6/2012 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư nêu trên.

Ngày 29/8/2013 Bộ Kế hoạch và Đầu tư có Công văn sổ 6370/BKHĐT-ĐKKD có nội dung: Ngày 10/9/2012 Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã có Công văn số 6916/BKHĐT-ĐKKD gửi đến Tòa án mà không nêu ý kiến nào khác theo yêu cầu của Tòa án.

Như vậy để có căn cứ giải quyết vụ án, Hội đồng xét xử xét thấy: Căn cứ vào Công văn số 3068/BKHĐT-ĐKKD ngày 03/5/2012 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư thể hiện ý kiến của Bộ xác định về danh mục ưu đãi kèm theo Công văn sổ 1816/BNN-CB ngày 18/4/2012 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn xác định: Hoạt động mua gạo lức, gạo đã qua xay xát để đánh bóng rồi tiêu thụ trong nước và xuất khẩu thuộc hoạt động chế biến nông sản thuộc danh mục ưu đãi đầu tư ban hành kèm theo Nghị định 108/2006/NĐ-CP của Chính phủ là phù hợp với loại hình hoạt động của Công ty.

Tại văn bản sổ 608/LT/2012 ngày 27/11/2012 của Công ty cổ phần Lương thực Thực phẩm Vĩnh Long cũng như tại phiên tòa xác định: Tống sốthuế thu nhập doanh nghiệp năm 2007, 2008 của Công ty từ hoạt động sản xuất, xay xát đánh bóng gạo là 17.712.004.975 đồng và có yêu cầu được hưởng khoản tiền này.

Đại diện Cục thuế Vĩnh Long chưa xác định cụ thể đổi với số tiền phía Công ty nêu. Và trong trường hợp nếu Công ty thực tế được hưởng ưu đãi thì bộ phận thuế tính toán lại vì số liệu trên là do Công ty tự khai báo.

Đồng thời tại văn bản sổ 885/CT-TTr ngày 26/11/2012 của Cục trưởng Cục thuế tỉnh Vĩnh Long xác định: Theo Biên bản làm việc ngày 09/1 1/2012 giữa cơ quan thuế với Công ty cổ phần Lương thực Thực phẩm Vĩnh Long cho thấy: Công ty không hạch toán riêng được chi phí từ hoạt động; đánh bóng gạo; năm 2007, 2008 Công ty khôngphát sinh doanh thu dịch vụ gia công của hoạt động xay xát, đánh bóng gạo. Hoạt động của Công ty chủ yếu mua gạo nguyên liệu, gạo thành phẩm về xay xát, đánh bóng, đấu trộn để bán ra theo yêu cầu của khách hàng trong nước hoặc xuất khẩu.

Do đó việc tính thuế thu nhập doanh nghiệp phải truy thu thuộc trách nhiệm của Cục thuế tỉnh Vĩnh Long. Tại phiên tòa, đại diện Cục thuế vẫn giừ nguyên quyết định về truy thu thuể thu nhập doanh nghiệp mà không chấp nhận sửa đổi hoặc điều chỉnh theo yêu cầu của Công ty.

Từ những phân tích trên, không có căn cứ để Cục trưởng Cục thuế tỉnh Vĩnh Long ra quyết định truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2007, 2008 của Công ty cổ phần Lương thực Thực phẩm Vĩnh Long. Quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế số: 213/QĐ-CT trái với quy định của pháp luật nên Hội đông xét xử thống nhất hủy quyết định này đối với phần truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2007, 2008.

Đối với Quyết định giải quyết khiếu nại số: 46/QĐ-CT hủy bỏ một phần Quyết định số: 213/QĐ-CT nhưng vần giữ nguyên phần truy thu thuế nên cần phải hủy phần truy thu thuế của Quyết định số: 46/QĐ-CT.

Cục thuế tỉnh Vĩnh Long phải chịu án phí hành chính sơ thẩm theo quy định của pháp luật.

Vì các lẽ trên,

QUYẾT ĐỊNH

Áp dụng điếm b khoản 2 Điều 163 Luật tố tụng hành chính; khoản 1 Điều 36 Nghị định số:187/2004/NĐ-CP ngày 16/11/2004 của Chính phủ; khoản 2 Điều 46 Nghị định số: 24/2007/NĐ-CP ngày 14/02/2007 của Chính phủ; khoản 1 Điều 34 Pháp lệnh án phí, lệ phí Tòa án;

+ Chấp nhận yêu cầu khởi kiện của Công ty cổ phần Lương thực Thực phẩm Vĩnh Long.

+ Hủy phần giữ nguyên số thuế thu nhập doanh nghiệp truy thu năm 2007 và 2008 là 31.347.563.097 đồng theo Quyết định giải quyết khiếu nại số: 46/QĐ-CT ngày 28/01/2011 của Cục trưởng Cục thuế tỉnh Vĩnh Long và Quyết định xử phạt vi phạm pháp luật về thuế số: 213/QĐ-CT ngày 22/6/2010 của Cục trưởng Cục thuế tỉnh Vĩnh Long.

Án phí: Cục thuế tỉnh Vĩnh Long phải nộp 200.000 đồng án phí hành chính sơ thẩm.

Hoàn trả Công ty cổ phần Lương thực Thực phẩm Vĩnh Long 200.000 đồng theo Biên lai thu tạm ứng án phí, lệ phí Tòa án sổ: 002918 ngày 22/02/2012 của Cục Thi hành án dân sự tỉnh Vĩnh Long.

Các bên đương sự được quyền kháng cáo Bản án này trong thời hạn mười lăm ngày kể từ ngày tuyên án.